No existe una definición estandarizada entre la comunidad científica sobre las condiciones que debe cumplir una especie para que se considere rara, pero se podría definir como una especie muy poco común y con poblaciones poco numerosas, generalmente por debajo de 10000 individuos. Al contrario de lo que se pueda pensar, no tiene nada ver con la rareza en su morfología
Aunque el término se podría aplicar a especies de cualquier reino biológico, es habitual que se utilice para referirse a animales y plantas, es decir a la flora y fauna. También, aunque una especie rara no tiene por qué ser una especie amenazada o en peligro, es frecuente que lo estén o que sean muy susceptibles a las amenazas sobre su población dado su bajo número y baja distribución en zonas pequeñas o aisladas.
La declaración de especies raras suele correr a cargo de organismos públicos o gubernamentales, a veces definidas en textos legales, y también es utilizada en muchos textos científicos y por organismos no gubernamentales referentes en conservación de la naturaleza, como la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza, pero sin que haya un criterio unificado.
Las especies raras suelen tener un alto grado de endemismo siendo especies que se encuentran solo en un área geográfica determinada. Por ejemplo, el ánade de Laysán (Anas laysanensis), una ave rara endémica de Hawái, o el Delphinium bakeri, una planta herbácea rara endémica de California.
Las zonas aisladas son zonas en las que suelen abundar las especies raras. Por ejemplo, en Nueva Zelanda se puede encontrar una amplia lista de aves raras, por ejemplo el kakapo (Strigops habroptilus), también conocido como loro nocturno, o la petroica de las Chatham (Petroica traversi).
El cangrejo ciego de Lanzarote (Munidopsis polymorpha) es un ejemplo de especie rara con un hábitat extremadamente reducido. Es un cangrejo albino muy pequeño que sólo vive en los jameos del agua de Lanzarote (Islas Canarias), unas piscinas formadas por infiltración de agua de mar al interior del tubo volcánico conocido como Cueva de los Verdes. El cangrejo ciego no vive en ningún otro sitio del planeta, ni siquiera en otras partes de la propia isla de Lanzarote.
Pero hay especies aún más raras si se tienen en cuenta el número de ejemplares. Los animales más raros del planeta se contabilizan en poblaciones de menos de 50 individuos. Estas especies están en situación crítica, aunque con esfuerzos y compromiso medioambiental se puede conseguir recuperar. Como ejemplo podemos citar el caso de la marmota de Vancouver (Marmota vancouverensis); en 2003 se contabilizaban sólo 30 ejemplares pero en el 2012 se habían recuperado hasta los 300.
En niveles similares se encuentra el lince ibérico (Lynx pardinus), un felino del que se estima que quedan entre 300 y 400 individuos en toda la península ibérica, aunque en un lento y ligero aumento. Algunas especies raras puede que ya no se puedan recuperar. Este es el caso del baiji, o delfín chino de río (Lipotes vexillifer), dado por extinto en el 2008.
Más ejemplos de especies raras con poblaciones de un pocos centenares podrían ser el tamarao (Bubalus mindorensis), un pequeño bóvido de la Isla de Mindoro, en Filipinas, o el wombat del norte (Lasiorhinus krefftii), una de las dos especies de vombátidos que existen, las dos en Australia.
Especies raras que lleguen a los 1000 individuos o más incluyen muchos primates, por ejemplo el choro de cola amarilla (Oreonax flavicauda) o el langur de nariz chata de Tonkin (Rhinopithecus avunculus).
Si hay una especie rara famosa esa es sin duda el panda gigante (Ailuropoda melanoleuca), un mamífero placentario de la familia Ursidae, la familia de los osos. Vive en las zonas montañosas de China central y se estima que hay entre 2000 y 3000 ejemplares. Es el símbolo del Fondo Mundial para la Naturaleza desde 1961.
