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Los discos duros externos e internos y las memorias USB tipo pen drive o memoria flash son significativamente diferentes, y no sólo en su tamaño. Un disco duro es un dispositivo compuesto por varios platos giratorios y un cabezal que lee los datos que han sido impresos magnéticamente sobre los platos. Pueden ser internos, conectados a la placa base del ordenador, o venir en una carcasa con conexión USB en los discos duros externos. Un pen drive es un dispositivo de memoria flash, nombre que se refiere a un chip de tamaño inferior a un sello de correos en el que se almacena la información.

El chip de memoria flash, a diferencia del disco duro, no tiene ninguna pieza móvil. Al no tener ninguna pieza móvil tiene menos posibilidades de fallo que un disco duro, la lectura de los datos es más rápida, no produce apenas calor y requiere mucha menos electricidad. Estas características las comparten todos los dispositivos que utilizan memoria flash, como pen drives o  tarjetas de memoria SDHC.

La memoria flash provista de conexión USB se conoce normalmente como pen drive o simplemente pen (al disco duro se le denomina hard drive en inglés). Los pen drives han conseguido tener cada vez más capacidad de almacenamiento de datos manteniendo el pequeño tamaño, un peso ligero y un precio cada vez menor, lo que ha hecho que sean actualmente la forma de transporte de datos más utilizada.

Además, la conexión USB permite que los pen drives puedan utilizarse con multitud de aparatos distintos y no sólo en ordenadores. Por ejemplo, se pueden almacenar archivos multimedia de cualquier tipo (imágenes, música, vídeo) y reproducirse directamente en televisores, radios de coches o reproductores musicales. En otras palabras, los pen drives son dispositivos USB tipo plug-and-play (conectar-y-reproducir).

Otras ventajas de la memoria flash, aparte de su menor tamaño, es que son más duraderos que los discos duros estándar y, al no tener ninguna pieza móvil, son totalmente silenciosos. No obstante, si se requiere una gran capacidad de almacenamiento, la única opción es un disco duro, ya sea portátil o interno, pues la memoria flash no ha conseguido aún alcanzar la capacidad que se puede conseguir con un disco duro a un coste moderado.

Las ventajas de la memoria flash sobre un disco duro convencional son tales que los discos duros serán en un futuro cercano reemplazados por memoria flash como el estándar en almacenamiento de datos quedando los discos duros como tecnología obsoleta. Muchos ordenadores incorporan ya unidades de memoria flash, especialmente en memoria caché (como la L3), y desde el año 2006 existen modelos de ordenadores portátiles provistos únicamente de memoria tipo flash aunque todavía son bastante caros.

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